Киото, недалекое будущее. Тихий старшеклассник Наоми Катагаки поглощен книгами — он фанат манги и все свободное время проводит в библиотеке, перерисовывая понравившиеся сцены. Его мир переворачивается, когда он замечает девушку по имени Рури Итигё. Она молчалива, замкнута и, кажется, постоянно смотрит в пустоту. Наоми, сам не понимая почему, начинает следить за ней, записывать ее привычки и маршруты в дневник. Он не решается заговорить, но одержимость растет. Однажды, во время грозы, Рури оказывается на крыше школы, и Наоми, преодолевая страх, бросается к ней, чтобы спасти. В этот момент небо раскалывается, и мир вокруг застывает. Из ниоткуда появляется странный юноша с повязкой на глазу — точная копия Наоми, но старше и с металлическим блеском в голосе. Он представляется как «Альфа» и заявляет, что этот мир — симуляция, созданная для того, чтобы спасти реальную Рури, которая впала в кому после трагической аварии.
Альфа — это Наоми из будущего, ученый, который записал свои воспоминания и сознание в квантовый компьютер. Он объясняет, что реальный Наоми должен заново пережить ключевые моменты их с Рури отношений, чтобы разбудить ее в настоящем. Но все идет не по плану: симуляция начинает давать сбои, а сам Наоми влюбляется в Рури по-настоящему, не как в объект наблюдения, а как в живого человека. Он отказывается слепо следовать сценарию Альфы, понимая, что его чувства — не просто алгоритм. Конфликт между двумя версиями одного человека нарастает: один хочет вернуть любимую любой ценой, даже стерев личность копии, другой — защитить девушку, которую полюбил здесь и сейчас. Вместе они вынуждены бороться с глюками реальности, где здания исчезают, а люди превращаются в пиксели. Финал разворачивается на границе миров, где Наоми-оригинал и Наоми-копия должны сделать выбор: пожертвовать собой, стереть симуляцию или найти третий путь, который спасет и Рури, и их обоих.
