Действие разворачивается в 2117 году, за два года до событий основного сериала. Сибилла, система абсолютного правосудия, уже контролирует каждый аспект жизни, но её механизмы далеки от идеала. В центре повествования — инцидент, который становится трещиной в идеальной картине: на отдалённом острове, где расположен реабилитационный центр для преступников с неопределённым коэффициентом преступности, происходит массовое убийство. Жертвами становятся как заключённые, так и персонал. На место происшествия отправляют инспектора Микагэ, ветерана Бюро общественной безопасности, чей собственный Коэффициент преступности балансирует на грани, и его нового напарника, энфорсера Сугу Тэппэя. Расследование быстро выходит за рамки простого выяснения обстоятельств бойни. Микагэ и Тэппэй обнаруживают, что за стенами центра скрывается нечто гораздо более тревожное, чем обычный психопат-убийца. Они сталкиваются с группой людей, чьи психические профили были намеренно искажены, превращены в нечто нечеловеческое — в настоящих «грешников системы», которых Сибилла не может классифицировать и, следовательно, не может контролировать.
Параллельно с расследованием раскрывается личная драма Микагэ. Его прошлое, полное сомнений в справедливости Сибиллы, напрямую связано с происходящим на острове. Он понимает, что массовое убийство — лишь верхушка айсберга, за которым стоит хладнокровный заговор, уходящий корнями в самые верхи Бюро. Кто-то использует несовершенства системы, чтобы создавать идеальных убийц, не оставляющих следов в «Психо-Паспорте». Микагэ и Тэппэй вынуждены действовать на грани фола, балансируя между долгом и моралью, ведь их собственные показатели стремительно растут с каждым новым открытием. Им предстоит не просто поймать преступника, а решить, что делать с правдой, которая способна разрушить саму основу общества, где каждый шаг оценивается бездушной машиной. Финал ставит под вопрос саму возможность искупления в мире, где твоя душа — это всего лишь цифра на экране.