Луна больше не просто спутник. Она — гигантский кристаллический архив, хранящий память о цивилизации, которая погибла, когда Земля была еще юной. Древние, обладавшие силой переписывать реальность, оставили после себя «Ключи» — артефакты, способные активировать протокол «Перезапись». Семнадцатилетний Харуки Синдо, обычный школьник, страдающий от провалов в памяти, однажды находит в заброшенном храме один из таких Ключей. В тот же миг его сознание синхронизируется с Лунным архивом, и он видит прошлое: как Древние создали Луну, чтобы спасти свои знания от неминуемой катастрофы, и как часть из них осталась на Земле, смешавшись с людьми. Харуки узнает, что он — носитель гена «Архитектора», способного не просто читать, но и изменять записанную историю. Проблема в том, что «Перезапись» уже запущена, и её инициатор — таинственная организация «Серебряный серп», считающая человечество ошибкой, которую нужно стереть, вернув мир к изначальному, «чистому» состоянию, существовавшему до появления людей.
Харуки объединяется с Юки Цукимори, девушкой, которая может управлять гравитацией и носит в себе фрагмент сознания последнего из Древних. Вместе они пытаются остановить «Серебряный серп», но каждый шаг приближает их к страшной правде: Луна не просто архив, она — гигантский механизм, и её активация неизбежно уничтожит всё живое на Земле, чтобы переписать реальность с нуля. Харуки предстоит сделать невозможный выбор: позволить «Перезаписи» завершиться, стерев страдания и ошибки человечества, но вместе с ними и саму жизнь, или найти способ взломать протокол, сохранив мир, полный боли и несовершенства. В финальной битве на поверхности Луны, где гравитация искажает время, Харуки понимает, что его провалы в памяти — не случайность, а результат его собственной прошлой попытки изменить ход событий. Он уже был здесь. И каждый раз, когда он проигрывает, Луна перезагружает цикл, стирая его воспоминания. Теперь, когда истина раскрыта, у него есть последний шанс разорвать бесконечную петлю, пожертвовав собой или приняв ту самую «Перезапись», которую он так отчаянно пытался предотвратить.