Второй сезон начинается с того, что Нобунага, уже освоившийся в современном Токио, сталкивается с последствиями своего вмешательства в ход истории. Его попытки объединить разрозненные кланы местных якудза и политических группировок наталкиваются на жесткое сопротивление. Враг приходит оттуда, откуда его не ждали — из прошлого. Таинственный ниндзя, владеющий техниками, которые считались утерянными веками, начинает охоту на Оду. Он не просто убийца, он — посланник разгневанных духов самураев, чьи кланы пали от руки Нобунаги в XVI веке. Этот призрачный воин способен искажать реальность, затягивая своих жертв в иллюзорные версии исторических битв, где каждый проигрыш означает смерть в обоих мирах. Нобунаге приходится не только защищать себя и своих новых союзников, но и разгадать загадку: кто стоит за воскрешением этого древнего воина и какую цену придется заплатить за то, чтобы изменить судьбу.
Параллельно развивается линия с тайным обществом, которое веками следило за временными аномалиями. Они считают Нобунагу угрозой самому существованию человечества, ведь его действия уже начали стирать целые эпохи из памяти людей. В попытке исправить «ошибку» они отправляют в прошлое отряд киборгов-убийц, чтобы уничтожить Нобунагу до того, как он попадет в наше время. Ода оказывается меж двух огней: с одной стороны — сверхъестественный мститель из феодальной Японии, с другой — безжалостные технологии будущего. Единственным шансом на спасение становится союз с самым неожиданным персонажем — молодым ученым, который тайно изучает путешествия во времени и утверждает, что Нобунага на самом деле не нарушитель, а ключ к предотвращению глобальной катастрофы, которая уничтожит обе линии времени. Финал сезона обрывается на клиффхэнгере: Нобунага, приняв решение вернуться в свою эпоху, чтобы встретить врага лицом к лицу, исчезает в портале, но вместо замка Адзути попадает в разрушенный Токио далекого постапокалиптического будущего.
