Второй сезон «Классикалоида» начинается с того, что мир уже привык к сосуществованию людей и мусик-богов, но хрупкое равновесие вот-вот рухнет. В прошлом Кадзуки и Маша смогли вернуть часть украденных нот, однако таинственный дирижёр, скрывающийся под маской, всё ещё удерживает «Абсолютную партитуру» — артефакт, способный переписать реальность. Теперь он решает действовать открыто: в разных городах начинают исчезать целые кварталы, а на их месте возникают пустоты, где время застыло. Кадзуки, Маша и их друзья-классикалоиды вынуждены отправиться в путешествие по искажённым пространствам, чтобы найти источник этой аномалии. По пути они встречают новых мусик-богов, олицетворяющих сложные симфонические поэмы и оперы, каждый из которых хранит фрагмент забытой истории. Выясняется, что дирижёр — не просто злодей, а бывший хранитель партитуры, который пытается стереть человеческие страдания, но его методы грозят уничтожить саму суть музыки и эмоций.
Параллельно раскрывается тёмная тайна происхождения Маши. Она не просто случайная девушка, а «живой ключ» — потомок древнего рода, чья душа была переплетена с первой нотой творения. Дирижёр хочет использовать её как катализатор для финального акта, заставив забыть всё, что делает её человеком: дружбу, любовь к музыке и боль утрат. В решающий момент Кадзуки приходится сделать невозможный выбор — пожертвовать своей способностью слышать музыку, чтобы разорвать связь Маши с партитурой. Но это лишь временная победа: освобождённая сила «Абсолютной партитуры» начинает жить собственной жизнью, превращаясь в гигантский оркестр из хаоса. В финале герои понимают, что настоящая музыка не в нотах, а в тишине между ними — в моментах, когда люди слушают друг друга. Сезон заканчивается на тревожной ноте: дирижёр исчезает, но его маска остаётся в руках нового, неизвестного персонажа, а в небе над городом начинают звучать аккорды, которые не подчиняются ни одному закону гармонии.
