Тихий провинциальный городок Сайто, где каждый знает каждого, а будущее расписано на годы вперёд, становится сценой для событий, которые перевернут привычный мир с ног на голову. Юки, тихая и незаметная старшеклассница, всегда чувствовала себя чужой среди одноклассников, поглощенных сплетнями и мелкими драмами. Единственной отдушиной для неё был старый школьный архив, где она проводила часы, перебирая пыльные папки. В один из таких дней она находит странную, нигде не зарегистрированную видеокассету с надписью «Проект: Пробуждение». На плёнке — группа девушек в форме её школы, которые говорят о каком-то эксперименте, о «сне» и о том, что «они уже здесь». Юки списывает это на чью-то неудачную шутку, но в ту же ночь её начинают преследовать кошмары: она видит себя в бесконечном белом коридоре, а за стеклом стоят те самые девушки с кассеты, безжизненно глядящие в пустоту.
Проснувшись, Юки обнаруживает, что реальность вокруг неё начала искажаться. Её лучшая подруга Мию, всегда весёлая и жизнерадостная, вдруг становится апатичной, говорит заученными фразами, а её улыбка кажется нарисованной. Вскоре Юки замечает, что и другие ученики ведут себя как марионетки: они ходят по одним и тем же маршрутам, повторяют одни и те же диалоги, будто застряли в зацикленной записи. В отчаянии она находит ещё одного «проснувшегося» — парня по имени Кэнта, который перевёлся в их школу месяц назад и тоже видел ту кассету. Вместе они начинают раскапывать правду, и выясняют, что несколько лет назад корпорация «Сомниум» провела в школе секретный эксперимент по массовой синхронизации сознания. Что-то пошло не так, и большая часть учеников и учителей оказалась заперта в коллективном сне, где их личности постепенно стираются, превращая город в декорации. Теперь Юки и Кэнта должны найти способ разбудить всех, прежде чем «Сомниум» запустит финальную фазу проекта — полное перепрограммирование реальности, после которого проснуться уже не сможет никто.
