Второй сезон начинается ровно с того места, где закончился первый. Хината и Канна, наконец, нашли друг друга в бесконечном лабиринте временных веток, но их воссоединение оказывается горьким. Канна, спасенная ценой невероятных усилий, теперь носит в себе отголосок той самой сущности, что разрывала реальность. Она слышит шепот тысяч неслучившихся миров, и каждый звук грозит выжечь ее личность изнутри. Хината, в отчаянной попытке удержать подругу, начинает замечать странные сбои: время вокруг них ведет себя непредсказуемо, зацикливаясь на одних и тех же событиях, словно заезженная пластинка. Вскоре выясняется, что их побег из временной петли не был чистым — они принесли с собой ее «яд», и теперь этот яд просачивается в реальный мир, заражая воспоминания обычных людей. Хинате предстоит понять, что спасти Канну — это не финал, а только начало новой, более жестокой битвы, где врагом становится сама ткань бытия.
Параллельно раскрывается тайна организации, которая стояла за экспериментами с временем. Ее лидер, человек, называющий себя Хранителем, не является злодеем в привычном смысле. Он — жертва собственного успеха, застрявшая в моменте гибели своей семьи и перезагружающая этот день снова и снова на протяжении десятилетий. Его безумие породило целую сеть временных аномалий, и теперь, когда Хината с Канной нарушили баланс, эти аномалии начинают схлопываться. Девушкам приходится объединиться с теми, кого они считали врагами, чтобы найти «нулевую точку» — момент, где время было сломано впервые. Но цена за исправление ошибки оказывается чудовищной: чтобы остановить распад реальности, кто-то должен добровольно отказаться от своего прошлого, стерев себя из истории. Хината понимает, что единственный способ дать Канне нормальное будущее — это пожертвовать их общим прошлым, всеми теми днями, что они провели вместе. Финал сезона оставляет зрителя на грани: Канна исчезает, но не умирает, а становится «тенью», наблюдающей за миром из-за грани времени, а Хината остается одна с памятью, которой больше не существует ни в одной из реальностей.
