Пятый сезон «Гинтамы» начинается с того, что привычный хаос в Эдо достигает критической точки. Кажется, что Саката Гинтоки и его друзья из «Йорозуи» наконец-то нашли спокойную работу — охранять странный груз для старого знакомого. Но эта посылка оказывается запертым сундуком с невероятно опасным амулетом, который притягивает не только бандитов, но и тайных агентов сёгуната. Пока Гинтоки, Кагура и Синпачи пытаются разобраться с проклятием, которое превращает любого, кто коснется амулета, в гигантского таракана, в городе начинают происходить странные вещи. Пропадают люди, а на улицах появляются загадочные фигуры в масках, которые шепчут о «Великом очищении». Параллельно Кацура, всё ещё скрывающийся от властей, натыкается на секретную базу, где Аманто готовят вторжение, используя древнюю технологию управления разумом. Всё это сваливается в одну кучу, когда Хидзиката, пытаясь арестовать контрабандистов, случайно выпивает зелье, которое заставляет его говорить только правду, причём исключительно в стихах хайку. Сезон балансирует между абсурдными эпизодами — например, соревнованием по поеданию мороженого с пришельцами или попытками Кондо признаться в любви Отаэ через фальшивое ограбление банка, — и мрачными намёками на то, что старые враги Гинтоки из прошлого, которых он считал мёртвыми, начинают собирать силы.
Вторая половина сезона резко меняет тон. Тайный заговор, который казался очередной шуткой про инопланетных бюрократов, оборачивается реальной угрозой. Выясняется, что амулет из первой серии — это ключ к «Вратам Ада», порталу, который может стереть Эдо с лица земли. За ним охотится таинственная организация «Красные бабочки», состоящая из бывших самураев, предавших сёгунат. Их лидер, человек в маске с голосом, который Гинтоки узнаёт с ужасом, оказывается его старым наставником, считавшимся погибшим в битве при Теракадо. Он хочет не просто уничтожить город, а переписать историю, стерев память о поражении самураев. Гинтоки приходится столкнуться с призраками прошлого: он узнаёт, что его учитель не умер, а был заточён в измерении Аманто, и теперь его разум сломлен. В финальной арке сезона Йорозуя, Синсэнгуми и даже Кацура с повстанцами объединяются, чтобы остановить ритуал. Кульминация происходит на руинах старого храма, где Гинтоки, истекая кровью, сражается с учителем, используя не только меч, но и грязные трюки, которым тот же его и научил. В последней сцене, когда портал уже начинает затягивать город, Кагура, разорвав цепи гравитации, швыряет в него гигантский спутник, а Синпачи взламывает систему управления Аманто, используя пароль «ананас», который он подсмотрел в сёгунской порно-коллекции. Сезон заканчивается тем, что Гинтоки, сидя на обломках, сжигает фотографию учителя и говорит, что прошлое нужно отпускать, даже если оно болит. Но в последнем кадре камера показывает, как из пепла восстаёт фигура в разорванном кимоно — намёк на то, что битва только начинается.
