Бэтмен, преследуя Гориллу Гродда и его армию роботов, попадает в пространственно-временную аномалию, созданную его заклятым врагом. Вместе с Джокером, Харли Квинн, Пингвином, Двуликим и другими обитателями Аркхема он переносится в феодальную Японию эпохи Сэнгоку. Очнувшись в чужом мире без привычных технологий и Бэтмобиля, Темный рыцарь обнаруживает, что Гродд переписал историю: злодеи стали могущественными даймё, а сам Гродд — сёгуном, объединяющим разрозненные кланы под своей железной пятой. Джокер, получивший контроль над армией ниндзя и загадочным источником энергии, превращается в безумного правителя, сеющего хаос, в то время как Харли Квинн становится его верной женой-воительницей. Бэтмену приходится адаптироваться к новым условиям: его плащ превращается в сёдзё (накидку ниндзя), а бэтаранги — в сюрикены. Он объединяется с местным ниндзя по имени Каге и принцессой, чтобы понять природу аномалии и найти способ вернуться домой, но главная угроза кроется не в мечах и ловушках, а в том, что Гродд использует технологию будущего, чтобы подчинить себе древние силы.
Вторая половина сюжета превращается в вихрь неоновых красок и феодальной жестокости. Бэтмен, освоивший искусство ниндзюцу и получивший доспехи, вдохновленные самурайской броней, вступает в финальную битву против объединенной армии злодеев. Джокер, используя энергию временного разлома, мутирует в гигантского демона-клоуна, слившегося с механизмами Гродда, — его смех эхом разносится по горам, а лицо искажается в безумной гримасе, парящей над полем боя. Харли Квинн, разрываясь между любовью к Джокеру и пробуждающейся совестью, предает его в решающий момент, позволяя Бэтмену нанести удар. В кульминации Темный рыцарь использует свой легендарный страх как оружие: он заставляет Гродда увидеть истинное лицо хаоса, который тот выпустил, и разрушает временной портал. Вернувшись в Готэм, Бэтмен обнаруживает, что в Японии прошли годы, а его самого считали легендой — духом-защитником, которого местные жители изобразили на свитках. Но финал оставляет горький привкус: в современном Готэме на крыше сидит ворона с красными глазами, наблюдающая за Бэтменом, намекая, что нити судьбы, сплетенные в прошлом, все еще тянутся в настоящее.
