Третий сезон начинается с того, что Акира и его союзники пытаются наладить хрупкое перемирие между людьми и киборгами. После разрушительной битвы с «Корпорацией» общество расколото: одни видят в киборгах оружие, другие — жертв эксперимента. Акира, сам балансирующий на грани между человеком и машиной, становится мишенью для радикалов с обеих сторон. Его тело, напичканное экспериментальными нанотехнологиями, начинает давать сбои — он теряет контроль над собственной кровью, которая буквально взрывается в венах при малейшей вспышке гнева. Врачи предупреждают, что каждое использование силы приближает его к полной потере человечности. Параллельно в городе появляется загадочная девушка, которая утверждает, что знает способ остановить деградацию, но её мотивы туманны, а прошлое связано с теми, кто создал вирус «Удара крови».
Тем временем тени прошлого настигают героев. Выясняется, что «Корпорация» не была уничтожена полностью — её остатки перешли в подполье и разрабатывают новое поколение киборгов, способных подавлять волю человека. Акира сталкивается с врагом, который использует его же воспоминания как оружие, заставляя сомневаться в реальности происходящего. Друзья, которым он доверял, оказываются шпионами, а прежние враги предлагают союз. В финале сезона Акира делает невозможный выбор: чтобы спасти близких, ему придётся пожертвовать последними остатками своего «я» и стать тем, кого он всегда ненавидел — идеальным оружием. Но даже после этого финальный кадр показывает, что битва только начинается: в небе над разрушенным городом зависает тень, больше похожая на бога, чем на машину.