Второй сезон «Космического линкора Тирамису» подхватывает историю ровно в тот момент, когда зритель уже привык к абсурду. Субару Итиносэ, гениальный пилот мобильного рейдера «Тирамису», продолжает нести службу в космическом флоте, но его главная битва по-прежнему разворачивается не с инопланетными захватчиками, а с повседневностью. В новом сезоне к нему присоединяется младший брат Исузу, который, в отличие от Субару, полон энтузиазма и жажды подвига. Однако вместо эпических сражений братьев ждут испытания бытовым космосом: попытки нормально поесть лапшу в невесомости, борьба с внезапно ожившим автоматом по продаже газировки и решение вопроса, как правильно чистить уши в условиях перегрузок. Каждая серия — это парадоксальный взрыв комедии, где герои с каменными лицами решают проблемы, которые не должен решать ни один уважающий себя пилот космического корабля.
Параллельно с этим сюжетная линия набирает обороты вокруг загадочной организации, которая пытается украсть секреты «Тирамису». Но даже шпионские интриги здесь превращаются в фарс: вражеские агенты терпят поражение не из-за военной мощи, а из-за того, что не могут понять логику Субару, который в самый разгар боя может начать переживать из-за неправильно сложенной футболки. Второй сезон углубляет гротеск, показывая, что космос — это не место для героев, а гигантская песочница для инфантильных гениев. Финал подводит к неожиданному повороту: оказывается, что вся вселенная «Тирамису» — это симуляция, созданная для того, чтобы проверить, сможет ли человечество сохранить рассудок в условиях абсолютной свободы. Субару, узнав правду, реагирует на это с привычным безразличием и просит добавить в симуляцию больше полок для хранения носков.