Третий сезон «Ниндзя Нобунаги» начинается с того, что Нобунага, наконец, осознает всю тяжесть своего дара. Он больше не просто попаданец, использующий знания из будущего, чтобы выжить в эпохе Сэнгоку. Теперь он — живой катализатор, чьи действия неумолимо меняют историю, и эти изменения начинают давать пугающие побочные эффекты. В то время как его армия, вооруженная примитивными огнемётами и тактикой, позаимствованной из учебников, одерживает одну победу за другой, в тенях пробуждается нечто древнее. Слухи о «демоне с железным посохом» (винтовкой) доходят до отшельников и монахов, владеющих запретными техниками. Они видят в Нобунаге не просто военачальника, а разрыв ткани реальности. Параллельно Каэдэ, его верная ниндзя, начинает замечать странные сбои: людей, которые помнят события, которых не было, и провалы во времени, стирающие воспоминания. Оказывается, что каждое крупное сражение, выигранное Нобунагой, оставляет в мире «шрамы», привлекая внимание не только людей, но и ёкаев, питающихся искажениями судьбы.
Второй акт сезона переносит героев в мрачную, мистическую арку, где Нобунага и его отряд вынуждены заключить временное перемирие с кланом Такэда, чтобы противостоять общей угрозе — пробудившемуся «Князю Тьмы» из древней легенды, который оказался не мифом, а мутировавшим человеком, получившим доступ к технологиям из еще более далекого будущего, чем Нобунага. Этот антагонист использует искаженную версию науки, создавая биомеханических монстров из тел самураев. Нобунага понимает, что его знания из XXI века — лишь верхушка айсберга, и что временная линия атакуется сразу с нескольких сторон. Кульминацией становится осада замка, где Нобунага, отбросив винтовку, вступает в рукопашный бой, используя не только навыки, полученные от Каэдэ, но и чистую, отчаянную ярость человека, который отказывается быть пешкой в чужой игре. Финал оставляет зрителя на грани: Нобунага жертвует своим самым ценным артефактом — дневником с историей — чтобы закрыть временной разлом, но в последнюю секунду видит в небе над горящим Киото не звезды, а свет от прожекторов неопознанного летательного аппарата, намекая, что война только начинается, и теперь она выходит за пределы Японии.
