Третий сезон «Моей геройской академии» начинается с того, что ученики класса 1-А проходят финальный экзамен. Им предстоит сразиться с собственными учителями в симуляции боя, и каждому нужно не просто победить, а проявить командную работу и смекалку. Особенно тяжело приходится Изуку Мидории и Кацуки Бакуго: их экзаменатором становится Всемогущий, который не сдерживается и использует свою силу на полную. Этот бой заставляет обоих парней переосмыслить свои отношения и понять, что им придется работать вместе, если они хотят стать настоящими героями. После экзаменов ученики отправляются в летний лагерь для усиленных тренировок, где Лига Злодеев устраивает засаду. Нападение оказывается тщательно спланированным: их цель — похитить Кацуки Бакуго, чтобы переманить его на свою сторону, используя его жажду силы и обиду на окружающих.
Похищение Бакуго становится поворотным моментом. Герои, включая Всемогущего, Эрасерхеда и лучших учеников, объединяются для спасательной операции, которая перерастает в полномасштабное сражение с Лигой Злодеев и их новым лидером — Стальном Кулаком. В ходе битвы Всемогущий вынужден использовать остатки своей силы, что приводит к его окончательному истощению и уходу с поста Символа Мира. Это событие потрясает всё общество: люди теряют веру в безопасность, а преступность начинает расти. Изуку, наблюдая за падением своего кумира, осознает, что теперь ответственность за защиту мира ложится на его поколение. В финале сезона класс 1-А сталкивается с новым вызовом — экзаменом на временные лицензии, где каждый должен доказать, что достоин носить звание героя. Но главное испытание ждет Изуку впереди: он узнает правду о происхождении своей причуды «Один за всех» и о том, что у Всемогущего есть заклятый враг, который все это время ждал своего часа.