Фури-кури 3 начинается там, где закончился второй сезон, но привычный мир перевернулся с ног на голову. Харуко Харухара, наконец, вытащила Наоту Нисимуру из его собственной головы, но цена оказалась чудовищной. Медицинская Механика, корпорация, контролировавшая их жизни, уничтожена, но её технологии вырвались наружу. Вместо привычного города теперь — зона отчуждения, где реальность трещит по швам. Из разломов пространства лезут не просто роботы, а материализовавшиеся страхи и подавленные желания жителей. Наота, лишившийся своей Н.О. в прямом и переносном смысле, обнаруживает, что его голова теперь работает как портал: каждый раз, когда он пытается придумать что-то новое, это тут же воплощается в жизнь, часто с катастрофическими последствиями. Харуко, в свою очередь, теряет способность стрелять из своей головы-гитары — её оружие превращается в обычный инструмент, который издаёт лишь жалобный вой. Они оказываются в ловушке собственных талантов: его креативность становится проклятием, её агрессия — бесполезной.
Вдвоём они бредут по руинам, встречая искажённые версии старых знакомых. Мамими превратилась в гигантского паука, плетущего паутину из сожалений, а Канто — в статую, которая плачет машинным маслом. Главный конфликт разворачивается вокруг таинственной девочки по имени Коко, которая утверждает, что она — «отключённый предохранитель» вселенной. Она не даёт Наоте и Харуко покоя, утверждая, что их любовь — это баг в системе, который нужно исправить, иначе весь мир схлопнется в сингулярность. Чтобы выжить, героям приходится заново учиться взаимодействовать: Харуко берёт на себя роль «человеческого фильтра», решая, какие идеи Наоты безопасны для воплощения, а какие — смертельно опасны. Их отношения проходят проверку на прочность, когда выясняется, что единственный способ остановить распад реальности — это заставить Наоту придумать что-то абсолютно новое, чего никогда не существовало, но при этом не дать этому уничтожить их обоих. Финал балансирует на грани абсурда и трагедии, предлагая неожиданный поворот: возможно, весь этот хаос — не ошибка, а последний шанс для них обоих стать по-настоящему свободными от своих ролей «спасительницы» и «гения».
