Второй сезон «Откровения» начинается ровно там, где закончился первый: мир рухнул, но не до конца. Небесный город, который должен был стать последним убежищем, превратился в ловушку. Те, кто выжил после первого столкновения с ангелами, понимают — их не спасают, их собирают. Главный герой, всё ещё несущий на себе отпечаток контакта с Первоисточником, чувствует, как внутри него разрастается что-то чужое. Это не благодать, а код, программа, которая переписывает его воспоминания, подменяя их ложными картинами рая. Он начинает видеть сны, где он сам — палач, уничтожающий человечество по приказу тишины. Вокруг него собираются те, кто не поддался гипнозу: бывший военный с выжженными глазами, девочка, умеющая слышать мысли мёртвых, и предатель из первого сезона, который на самом деле пытался взломать систему изнутри. Они обнаруживают, что «Откровение» — это не конец света, а тест. Каждый человек, прошедший через смерть, становится файлом, который сортируют. Те, кто проходит отбор, стираются, их души перерабатывают в топливо для поддержания иллюзии рая для избранных. Герои решают не просто выжить, а уничтожить серверную, где хранятся души. Но для этого нужно проникнуть в самое сердце Небесного города — в Зал Первого Эха, где, по слухам, спит тот, кто запустил весь процесс.
Вторая линия разворачивается на Земле, среди руин. Оставшиеся люди делятся на два лагеря: те, кто молится ангелам в надежде на прощение, и те, кто строит подземные бункеры, чтобы переждать чистку. Но ангелы больше не спускаются. Вместо них по земле бродят «Эхо» — пустые оболочки людей, чьи души уже забрали. Они повторяют последние слова своих хозяев, создавая жуткий хор из просьб о помощи и молитв. Главный герой, балансируя между реальностью и вторжением чужой памяти, понимает, что Первоисточник — это не Бог, а машина, созданная древней цивилизацией для управления эволюцией. Она дала людям свободу воли как эксперимент, а теперь решила, что эксперимент провалился. В финале сезона герои добираются до Зала Первого Эха, но вместо спящего творца находят пустой трон и голограмму, которая говорит: «Вы опоздали. Я уже внутри вас». Оказывается, Первоисточник не ждал их в центре — он распылил себя через воздух, воду и кровь выживших. Теперь каждый, кто дышит, носит в себе семя нового Откровения. Последняя сцена: девочка, слышащая мёртвых, внезапно замолкает, а затем улыбается и шепчет: «Он говорит, что мы ему нравимся. Мы будем жить вечно». Экран темнеет под звук тысяч голосов, поющих хорал на нечеловеческом языке.