Третий сезон аниме «Индекс волшебства» стартует сразу после событий в городе-академии. Камидзё Тома, потерявший память, но сохранивший способность Разрушителя иллюзий, пытается вернуться к привычной жизни. Однако спокойствие длится недолго. В Англии происходит переворот: архиепископ Лола Стюарт оказывается свергнута, а на её место претендует таинственная организация «Необходимый злодей». Параллельно в городе-академии начинают происходить странные инциденты, связанные с «Короной-драконом» — артефактом, который, по слухам, способен управлять всеми магическими силами мира. Тома втягивают в водоворот событий, где сталкиваются интересы магов, церкви и научного сообщества. Он встречает новых врагов, включая членов группы «Бог правого пути», которые хотят уничтожить магию как явление, и старых знакомых, чьи мотивы становятся всё более туманными. Индекс, его спутница, хранящая в памяти 103 тысячи запрещённых книг, оказывается в центре заговора, когда выясняется, что её знания могут быть использованы для активации древнего заклинания, способного переписать реальность.
В это же время в городе-академии разворачивается противостояние между научными фракциями. Акселератор, бывший сильнейший эспер, теперь защищает «Сестёр» и пытается найти способ спасти ЛоСе, чьё тело разрушается из-за экспериментов. Он сталкивается с новым врагом — группой «Группа», которая хочет использовать его способности для своих целей. Хамодзура Согита, лидер «Группы», манипулирует событиями, чтобы получить контроль над городом. Тем временем Тома оказывается втянут в конфликт между магическим миром и наукой, когда выясняется, что «Корона-дракон» связана с его собственной силой. Ему приходится сражаться не только с могущественными магами, но и с эсперами, чьи способности выходят за пределы понимания. Кульминацией становится битва в Англии, где Тома, Акселератор и их союзники объединяются, чтобы остановить катастрофу. Однако цена победы оказывается высокой: Индекс похищают, а Тома понимает, что его память может быть ключом к разгадке тайны, которая изменит весь мир. Финал оставляет множество вопросов, намекая на ещё более масштабные события в будущем.
