Сюжет аниме «Вавилон» разворачивается в мире, где Япония, опередив другие страны, легализовала марихуану, создав специальный автономный район — Новый Вавилон. Этот город-государство становится эпицентром глобального эксперимента, где наркотики, свобода и контроль переплетаются в опасный узел. Главный герой, прокурор Сэйдзуки, работает в токийской прокуратуре и расследует дело о незаконных клинических испытаниях, связанных с фармацевтической корпорацией. В ходе расследования он выходит на таинственную девушку по имени Ай, которая обладает невероятной силой убеждения — её голос способен заставить любого человека совершить самоубийство. Эта способность, названная «Голосом Бога», оказывается ключом к глобальному заговору, в котором замешаны политики, учёные и религиозные фанатики. Сэйдзуки пытается остановить волну суицидов, захлестнувшую страну, но с каждым шагом всё глубже погружается в пучину моральных дилемм: что важнее — закон или спасение человечества, свобода воли или принудительное счастье?
Параллельно развивается линия доктора Фукуды, гениального учёного, создавшего технологию, позволяющую манипулировать нейронными связями и вызывать эйфорию без наркотиков. Его изобретение, «Ангельский препарат», должно было стать панацеей от всех зависимостей, но вместо этого породило новую угрозу. Фукуда, ослеплённый идеей «очищения» человечества от страданий, вступает в союз с радикальной сектой, которая видит в массовых самоубийствах путь к утопии. Сэйдзуки, разрываясь между долгом и личными чувствами, сталкивается с Ай, которая оказывается не просто оружием, а жертвой эксперимента. Их диалоги превращаются в философский спор о природе добра и зла: можно ли оправдать убийство во имя всеобщего блага? Финал сериала ставит зрителя перед выбором без правильного ответа — когда технологии и идеологии сталкиваются, грань между спасением и уничтожением стирается, а Вавилон становится символом не только города грехов, но и последней надежды человечества, обречённой на крах из-за собственного несовершенства.