Четвертый сезон «Моей геройской академии» начинается с того, что Изуку Мидория и его друзья из класса 1-А наконец-то получают свои первые профессиональные лицензии героев. Теперь они могут официально участвовать в настоящих спасательных операциях и боевых вылазках под руководством опытных наставников. Стажировка распределяет учеников по разным агентствам, и главный герой вместе с Кирой и Асуи попадает к сэру Найтэю — эксцентричному, но гениальному герою, который славится своим нестандартным подходом к спасению людей. Именно здесь Мидория впервые сталкивается с жестокой реальностью работы профессионала: не всех можно спасти, а цена ошибки может быть фатальной. Параллельно развивается линия с Эри — маленькой девочкой, обладающей чудовищной причудой, способной отматывать время живых существ. Она сбегает от преступной группировки «Восьмерка Префекта», которая использует её способности в бесчеловечных экспериментах по созданию сывороток, уничтожающих причуды. Сэр Найтэй и его стажёры берутся защитить Эри, но вскоре выясняется, что за ней охотится один из самых опасных злодеев — Оверхаул, лидер «Восьмерки», чья причуда «Разрушение» позволяет ему уничтожать всё, к чему он прикасается.
Вторая половина сезона резко меняет тон, погружая зрителя в масштабную операцию по спасению Эри из логова Оверхаула. Герои объединяются в отряд, куда входят Мирио Тогата — непобедимый стажёр сэра Найтэя, обладающий причудой проницаемости, и другие ученики старших курсов. Штурм подземного убежища превращается в кровавую бойню: Оверхаул, доведённый до отчаяния, сливается с одним из своих приспешников, превращаясь в чудовищного монстра, способного стирать целые кварталы. В этом аду Мидория впервые использует свою причуду «Один за всех» на полную мощность, рискуя собственным телом, чтобы защитить Эри. Кульминацией становится момент, когда Изуку, синхронизировавшись с девочкой, использует её причуду для перезагрузки своих травмированных рук, нанося сокрушительный удар, который ломает ему все кости, но уничтожает Оверхаула. Финал сезона, однако, не приносит покоя: Лига Злодеев, воспользовавшись хаосом, освобождает из тюрьмы опаснейшего преступника — Все За Одного, а в школе нарастает напряжение из-за растущей враждебности общества к героям. Последние кадры показывают, как Мидория, получивший прозвище «Символ Мира», осознаёт, что его путь только начинается, а тень грядущей войны уже накрывает Японию.