Второй сезон «Оммёдзи: История Хэйан» начинается с того, что хрупкое равновесие между миром людей и царством духов оказывается под угрозой. После событий первого сезона Минамото-но Хиромаса, поглощенный тьмой и одержимый жаждой власти, не исчез бесследно. Его злая воля, искаженная запретными ритуалами, пустила корни в самых темных уголках столицы, порождая новые, более изощренные проклятия. Абэ-но Сэймэй, чья репутация величайшего оммёдзи эпохи только укрепилась, чувствует, что это лишь начало. Вместе с верным Минамото-но Хиромасой, который теперь разрывается между чувством вины за прошлое и долгом перед другом, они сталкиваются с чередой загадочных смертей среди придворной аристократии. Жертвы умирают в странных позах, а на их телах остаются знаки, не поддающиеся обычной логике. Расследование приводит героев к заброшенному храму на окраине Хэйана, где, по слухам, проводились запрещенные обряды по призыву существ из другого измерения. Сэймэй понимает, что за этими убийствами стоит не просто мстительный дух, а нечто более древнее и могущественное — сущность, которая питается страхом и раздором, и которую когда-то пытался контролировать Хиромаса.
Параллельно с этим в столицу прибывает таинственная женщина по имени принцесса Акико, обладающая необычайной чувствительностью к потустороннему. Она утверждает, что видит духов так же ясно, как живых людей, и предлагает Сэймэю свою помощь. Однако её мотивы остаются туманными, а её появление совпадает с серией кошмаров, мучающих императорский двор. Сэймэй подозревает, что Акико может быть связана с древним кланом оммёдзи, который был уничтожен за попытку нарушить границу между мирами. В то же время Хиромаса, пытаясь искупить свою вину, отправляется в опасное путешествие в горы, где, по преданиям, обитают духи-хранители, способные даровать знание о том, как запечатать зло навсегда. Но там он сталкивается с испытанием, которое заставляет его взглянуть в лицо собственным демонам. В финале сезона выясняется, что принцесса Акико — не просто свидетель, а ключ к древнему ритуалу, который может либо навсегда закрыть врата в мир духов, либо открыть их настежь, погрузив Хэйан в хаос. Сэймэй и Хиромаса вынуждены объединить свои силы, чтобы остановить её, но цена, которую придется заплатить, может оказаться слишком высокой. В последней битве, разворачивающейся под дождем из лепестков сакуры, Сэймэй использует запретное заклинание, которое лишает его части собственной жизненной силы, но позволяет на время усмирить древнее зло. Сезон заканчивается на тревожной ноте: врата остаются приоткрытыми, а в небе над столицей появляется кроваво-красная луна, предвещая новую, еще более страшную угрозу.
