Небо над Токио окрасилось в багровый цвет ровно в три часа дня, когда солнце вдруг пошло на убыль, словно кто-то невидимый задул фитиль гигантской лампы. С этого момента мир перестал быть прежним. Люди, застигнутые алым светом на улицах, начали меняться: их глаза наливались кровью, кожа покрывалась трещинами, из которых сочился черный дым, а тела теряли плотность, превращаясь в подобие живых теней. Они не умирали — они становились частью «Кровавого неба», бессловесными марионетками, подчиняющимися странному ритму пульсирующего багрового купола. Семнадцатилетний Рётаро, опоздавший на автобус и спрятавшийся в подземном переходе, стал одним из немногих, кто выжил. Он не превратился в тень, но его левая рука начала светиться тусклым алым светом, а в голове поселился чужой голос — холодный, женский, требовательный. Голос утверждал, что он — «Ключ», и что только через него можно либо разрушить небо, либо навсегда запечатать мир под ним.
Рётаро выбирается на поверхность и находит разрозненную группу выживших, укрывшихся в старом здании метеостанции. Среди них — бывший военный с обожженным лицом, который называет себя Охотником и утверждает, что видел подобное раньше в секретных лабораториях; девочка-подросток, чьи слёзы застывают кристаллами, способными рассеивать багровый свет; и старик-священник, который читает молитвы на мёртвом языке, и его слова заставляют тени корчиться. Они быстро понимают: небо не просто накрыло город — оно растёт, поглощая новые районы, и с каждым часом тени становятся умнее, быстрее и начинают копировать повадки людей, которых они поглотили. Голос в голове Рётаро настойчиво ведёт его к центру багрового купола — к небоскрёбу, который теперь выглядит как гигантский кристалл, пульсирующий в такт сердцебиению самого города. Но чем ближе они подходят, тем яснее становится, что «Ключ» — это не просто спаситель. Это ловушка, и тот, кто говорит с Рётаро, вовсе не желает спасать человечество. Она хочет, чтобы он открыл дверь. И за этой дверью — не спасение, а настоящая причина, по которой небо стало кровавым.