Действие разворачивается в 0097 году, спустя год после инцидента с Лапласом и раскрытия заговора «Висты». Эпоха успокоилась, но тень войны всё ещё накрывает колонии и Землю. Федерация, пытаясь удержать хрупкий мир, запускает секретную операцию «Феникс Охота». Цель — перехват бесхозного прототипа психо-фрейм-мобильного костюма «Юникорн Гандам 03 Феникс», который исчез после битвы за Индустрию-7. Этот костюм, обладающий способностью перегружать системы и проявлять волю пилота как реальную силу, становится яблоком раздора. За ним охотятся не только федералы, но и остатки «Зиона», и частная военная компания «Мистраль», у каждого свои мотивы. В центре этого хаоса оказывается Йона Башта, молодой пилот, которого преследуют призраки прошлого. Он получает задание пилотировать экспериментальный «Сильвер Буллет Супайс», чтобы заманить и уничтожить Феникса. Но Йона не просто солдат — он связан с этим костюмом и его пилотом, девушкой по имени Рита Белуно, которая, как считалось, погибла. Её сознание, возможно, заперто внутри Феникса, и Йона разрывается между долгом и желанием спасти её.
Погоня разворачивается на фоне руин колонии «Тив», где когда-то погибла Рита. Феникс, ведомый неясной целью, уничтожает всё на своём пути, а Йона, сражаясь с ним, всё глубже погружается в воспоминания и травмы. Параллельно Мишель Луио, подруга детства Йоны и Риты, пытается докопаться до правды о проекте «Феникс» и о том, что на самом деле произошло в тот роковой день. Её расследование приводит к шокирующему выводу: Феникс не просто машина, а сосуд для души, и его появление — не случайность. Кульминация наступает, когда все три стороны сталкиваются в открытом космосе. Йона, наконец, понимает, что Рита не хочет быть спасённой — она стала частью Феникса, его волей, и её цель — не возвращение, а завершение цикла боли. В финальной битве Йона отказывается уничтожать костюм, вместо этого используя психо-фрейм, чтобы передать Рите покой. Феникс исчезает в пространстве, оставляя после себя лишь тишину и вопрос: что есть жизнь, а что — лишь отражение воли в металле.
